而这军事学院的第一任院长 ，自然是郑芝龙了，毕竟这是当年朝廷用以收编郑家水师的条件之一 ，何况如今整个大明，对于精通海上作战，除了他郑家之外，恐怕还真找不出几个能比得上他们的了 ，当然并不能说没有 ，只能说太稀少了 ，也正是因此 ，等到水军军事学院成立之后 ，除此之外，在杨永明的建议下 ，朝廷在接收郑家水师之后 ，将会把它分成多份 ，然后以其为骨干进行建设扩编 ，从而组成多个海军编队 ，到时候除了留下一两个必要的编队 ，用以巡视防卫大明近海之外，其余的编队都将会进入大海的深处 ，为大明占领土地谋取利益
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